Один из пользователей NSIS создал проект VPatch, который позволяет на NSIS написать автоматический патчер (после покажу пример, а может даже парочку). Но устанавливается он как-то криво, консольные утилиты, которыми генерятся данные для будущего патча устанавливаются абы куда, а не в какой-нибудь %PATH%-каталог, что безумно бесит. Поправил. У меня все утилиты устанавливаются в %WINDIR%.

Утилиты отдельно (RAR-архив), 468Кб
Установщик (NSIS, EXE), 666Кб
Родной пример использования VPatch (7ZIP), 475Кб
Исходник моего инсталлятора