В Linux, с помощью dd.

Делается это вот такой огромной командой:

PARTREC=$(dd if=$DEV bs=1 count=16 status=none skip=$((0x1BE + 16 * ($PART - 1) )) | od -t x1 -A n |awk '{print $1}')

В переменную $DEV записывается устройство (например /dev/sda), а в переменную $PART — номер раздела, например 1 для /dev/sda1, потом проверяем, что накапало в $PARTREC — если там будет 00 — флаг boot для раздела не установлен, раздел неактивен, если 80 — раздел активный, если что-то еще, ну или с разделом что-то странное, или попытались установить флаг boot логическому разделу. Внезапно, gparted может такое сделать, хотя смысла в этом нет — активным разделом может быть только основной, но не логический и не расширенный.

В принципе, способ логичный — информация о флагах хранится в таблице разделов, надо только знать, как вычислить, а dd может выдернуть нужный байт откуда угодно. Далее od преобразует байт в удобочитаемую форму в шестнадцатеричном виде, забираем значение первого байта awk'ой и проверяем.

1. На GitHub
2. На PasteBin

1. The MBR (master boot record) and the Partition Tables. Там как раз подробное описание, как оно выковыривается.
2. Нашел здесь