Делается довольно просто:
#!/bin/bash
echo "Restore firewall rules"
# Delete all rules
iptables -F
iptables -F -t nat
iptables -F -t mangle
iptables -X
iptables -t nat -X
iptables -t mangle -X
# Accept all traffic
iptables -P INPUT ACCEPT
iptables -P OUTPUT ACCEPT
iptables -P FORWARD ACCEPT
Сначала удаляем все правила из всех цепочек, потом разрешаем весь трафик. Естественно, можно и не весь трафик разрешать, у меня на сервере последняя команда заменена на iptables -P FORWARD DROP, чтобы пока я как-то перенастраиваю фаервол, клиенты не могли подключиться.